Comme il souvent dit, le lecteur de carte CF n'a quasiment que des avantages :
- pas de soucis de reconnaissance de l'apn
- pas de pb de reconnaissance des fichiers
- débit plus rapide
- pas besoin d'alimenter l'apn pour le transfert (accus se vident et s'usent inutilement)
...

Certes, ça ne résoud pas exactement le pourquoi du comment de ton pb, mais comme les reflex Canon ne sont pas reconnus comme disques externes, autant trouver des solutions qui fonctionnent super bien : le lecteur de cartes USB2 (10€).