Euh les micro-organismes dans un grotte aménagée (touristiques), ça ne doit pas être un soucis. Pour conserver la blancheur artificielle des concrétions (exemple Grotte du Pech Merle déjà citée), elles doivent, régulièrement, être lavées à l'eau de javel. Sinon, elles se recouvrent de moisissures, algues ou autres organismes apportés par les visiteurs.

Peut-être que la santé oculaire des guides est visée par l'interdiction des flashs mais je crois que c'est surtout le respect du contrat de vente d'images qui amène cette interdiction.