Tout comme Viktor, je pense au vignetage des objectifs, j'ai commencé des panos avec Photostich, et j'avais le même effet. J'ai ensuite fait avec Photoshop et le phénomène est corrigé.
J'avais remarqué cela il y a longtemps quand j'avais fait un montage de 2 images scannées fait au 28-135 avec un eos5 en position 28, c'était bien pire
Je sais plus si Photostich permet de garder les calques dans son fichier de sortie, mais il te faudra corriger/redécouper chaque calques pour corriger le problème.