Il semble que certaines manipulations détruisent l'info "thumbnail" des exifs. Et que les librairies PHP qui lisent les exif décident que les exif sont absents si ils ne trouvent pas ce thumbnail.
Avec exifer on peut remettre l'info thumbnail: une fois la photo affichée dans l'explorateur d'exifer, clic droit sur la vignette, puis exif/iptc puis thumbnail puis ajouter thumbnail (de mémoire, je l'ai pas sous la main, mais dans ce style )