Ce qui s'est passé, c'est très simple, et ce n'est ni un bug, ni un problème.

Quand tu connectes un appareil photo directement à un PC, celui le considère comme un périphérique d'acquisition d'image et non pas comme un périphérique de stockage de masse.

Sans utilisation d'un logiciel particulier, comme les outils Canon par exemple, windows n'y récupère donc que les fichiers qu'il considère comme des images: les jpeg.

Avec un simple lecteur de cartes à 10€, la donne change: celui-ci, une fois la carte mémoire insérée, est reconnu comme un périphérique de stockage de masse, à l'instar d'une clé USB ou d'un disque externe USB.
L'explorateur Windows présente donc TOUT ce qu'il y a sur la carte, répertoires "systèmes" et fichiers raw compris.

Procure toi un logiciel de récupération des données effacées comme Recuva (qui est gratuit) par exemple.
Si tu ne tes pas trop servi de ta/tes cartes, tu devrait y récupérer assez facilement tes fichiers .cr2.