J'ai eu le même problème avec une seule carte compact flash (c'était sur mon ancien 400D, mais peu importe le boîtier).
Depuis qu'elle est partie à la poubelle et remplacée, plus rien => la conclusion s'impose : c'était un problème de carte CF.
Il y a de fortes chances que ce soit le même problème. D'ailleurs, plusieurs personnes l'ont déjà rencontré sur le forum.