Cela ne vient pas de l'objectif mais du boitier, et c'est totalement normal.
J'étais même étonné que vous conserviez l'auto-focus tout court en montant un TC 1.4X sur un 100.400 V1

Le 100-400 v1 ouvre à f/4.5-5.6 , ce qui veut dire qu'avec le TC 1.4x , il devient un 140-560 f/6.3-8.

J'en était resté sur le postulat suivant:
Sur les boitiers Canon, lorsque l'objectif n'ouvre pas au moins à F/5.6, on perd l'auto-focus, sauf sur certains boitiers haut de gamme:
- 1D, 1Ds, 1Dx mkI , 5D mkIII (si firmware mis à jour sur ce dernier) : on ne conserve l'autofocus que sur le collimateur central
- 1Dx mkII et III et 5D mk IV: on conserve l'autofocus sur tous les collimateurs

En fait, sur les derniers modèles Canon a fait évoluer cela; après un peu de recherches, j'ai trouvé ce site avec plein d'infos:
https://shuttermuse.com/canon-camera...s-f8-aperture/

et notamment un tableau qui reprend un grand nombre de modèles, si leur auto-focus fonctionne à f/8, et de quelle façon

pour le 90D: c'est oui, on conserve l'AF à f/8 sur "jusqu'a 27 collimateurs" , sauf que si son va jusqu'en bas de la page,
le"jusqu'à" est très important , puisqu'en fait, cela ne concerne que 2 combinaisons:

EF 100–400mm f/4.5–5.6L IS II + Extender EF 1.4x III
EF 200–400mm f/4L IS Extender (avec 1.4x intégré) + Extender EF 2x III (si extender 1.4 intégéré pas utilisé)

Dans tous les autres cas, c'est seulement collimateur central.