Oui, le transfert apn->PC peut générer des soucis de ce genre. Et il y a plusieurs raisons potentielles.
On ne sait pas d'ailleurs comment tu transfers les photos sur ton ordi ? Direct depuis l'apn ou par lecteur de carte ?

Si les photos ne sont pas encore effacées sur la CF, retente un transfert soit via l'apn direct soit avec un autre lecteur de carte, selon ce que tu a déjà utilisé comme méthode.

Si c'est un ordi portable notament et que tu utilises un lecteur de cartes externe, vérifie que l'alim des USB est assez costaude pour supporter correctement un lecteur externe non auto-alimenté (ie alimenté par le port USB du PC).

En tout cas, comme dit plusieurs fois, s'assurer de la qualité des ses cartes CF, à savoir certifiées de grande marque, c'est plus sûr.

Les seuls soucis que j'ai pu avoir l'ont été avec des cartes bas de gamme. Et que dire des copies de contrefaçon...