Parce que DPP sauvegarde sa recette dans le CR2 (ou dans un fichier recette) et que Autopano n'en tient pas compte. Il faut que tu exportes tes fichiers depuis DPP au format TIF si tu ne souhaites pas de dégradation JPG.

Concernant ta question, ce serait surtout à Autopano de se débrouiller pour lire non seulement les RAWs Canon, mais aussi la recette intégrée ou le fichier recette.