Désolé, mais je suis repassé sur PC, donc un peu de mal à me souvenir sur Mac.

Comment fais-tu pour enregistrer ton dossier ?

De mémoire, je créais un répertoire, soit via DPP soit le finder. Dans les 2 cas, le répertoire est créé.
Puis je copiais les photos dans ce répertoire, soit via DPP soit le finder. A partir de là, les photos sont physiquement dans le répertoire et elles ne peuvent être supprimées que par une action de l'utilisateur ou d'un programme. Le plantage de DPP ne supprime rien, au pire il abîme les fichiers.
En cours de traitement, je changeais régulièrement de répertoire, cela forçait l'enregistrement.

Je vois 3 pistes pour ton problème. Ne te vexe pas, les 2 premières sont basiques, niveau débutant, et je n'y crois pas, mais ....

1/ création du répertoire au mauvais endroit (carte au lieu du disque dur ?) => peu probable
2/ dans dpp suppression du répertoire au lieu des photos => peu probable
3/ interférence avec Photo ?

As-tu utilisé Photo en même temps de DPP ? Est-ce que l'importation dans Photo ne supprime pas les "originaux" (ceux que tu as rangés dans le répertoire du disque dur) ? Toujours de mémoire, dans iPhoto, quand j'importais des photos, iPhoto pouvait supprimer les photos du disque dur pour les mettre dans sa bibliothèque.