Je ne sais pas si tu as résolu ton problème.

Pour passer le .MOV en .avi j'utilise Avidemux qui est gratuit. Il s'agit de changer seulement de container sans rien changer au flux pour conserver un bon master standard de ta prise de vue.
  • Vidéo : copier
  • Audio : copier
  • Format : AVI

Et en sauvegardant écrie, à la main, l'extension .avi (je ne sais pas pourquoi il ne le fait pas automatiquement. Ca ne change pas l'encodage - il sera toujours temps de compresser et d'encoder quand ton montage sera réalisé (moins on change, moins on perd en qualité). Une fois en .avi tu peux utiliser plusieurs logiciels. Ne sous estime pas les capacités de VirtualDub (en Anglais car la version française est très limitée). C'est un des seuls moyen que j'ai trouvé pour sortir la piste son et, ensuite injecter une nouvelle piste son après montage de la vidéo (c'est un bricolage de container aussi ça).

** Moi je cherche comment mettre ma vidéo (un .MOV à l'origine de mon 100D) sur une carte SD pour la regarder sur mon téléviseur qui, dans sa notice indique (textuellement) :

Film : fichiers compatibles avec la norme SD-Vidéo Ver. 1.2 [MPEG-2 (format PS)] et la norme AVCHD, avec un format audio MPEG-1/Layer-2 ou Dolby Digital

Si quelqu'un avait, au moins, une piste pour avancer. Sur le PC, avec VLC, on lit à peu près tout, même les .mov