étrange tout ça.
tu nous dis que tu uploade directement ton .mov sorti du 5d ou je t'invente des propos ?
il faut aussi savoir ce que tu entends par moins bonne qualité. si c'est très moche, c'est pas normal, si c'est un peu "effet compression jpeg" parfois, y'a pas grand chose à faire.

après (je dis ça un peu au pif hein), Youtube stocke forcément des fichiers compressés.
si ta vidéo passe de 1Go à (je sais pas, au hasard) 200Mo, peut-être le processus de compression de Youtube te bousille ta vidéo ?

(paragraphe un peu hors sujet si j'ai menti à la 2ème ligne de mon post) :
c'est quoi la durée de ta vidéo ? 1Go on doit tourner entre 3 et 5 minutes c'est ça ?
comme l'a dit Slowmansion, essaye de passer par un MP4 / H264 de bonne qualité, ça restera plus léger que le fichier sorti de l'appareil. et peut-être Youtube te le détruira moins ?
au cas où une info t'intéresserait : Optimisation de la mise en ligne de vidéos - Centre d'aide YouTube et Formats compatibles avec YouTube - Centre d'aide YouTube