Perso, j'ai une carte (32Go rapide) dédiée à la vidéo et contenant Magic lantern, mais sur un 550D.
Je suis passé par un lecteur standard pour l'écriture des fichiers.
Jusqu'à présent je n'ai rencontré aucuns problèmes d'utilisation.
Je pense qu'il devrait en être de même pour cette manip sur un 5D MKII, d'autant plus que certaines vidéo faites avec Magic lantern sur ce boîtier s'ont sur You tube et les commentaires ne laisse pas trace de problèmes.