Peux-tu nous dire si tu les lis directement sur le lecteur de carte ou pas ?

Le problème peut venir de là.
Surtout n'utilise pas de hub (multiplieur de ports) USB. Sinon, commence déjà par copier sur ton disque dur.
Si le problème est résolu, alors ça vient de l'USB. Tente un autre port ou un autre lecteur de carte (ces appareils sont bon marché et au bout d'un moment les condensateurs peuvent être défaillant notamment).

Si le problème survient en lisant la vidéo sur le DD interne (évidemment, sinon mêmes problèmes possibles qu'avec le lecteur de cartes mémoire) :
Peut-être que ton processeur fonctionne en mode "économie d'énergie". Idem pour la carte graphique.
Essaie le mode performance sur les deux. (Je dirais que c'est surtout le processeur qui est responsable d'un tel problème sur un PC standard).

Si ça ne va toujours pas, essaie un autre lecteur, mais apparemment c'est déjà fait : Windows Media, VLC, Quicktime, MPlayer, ...

Pour finir le codec : Ben à priori il n'y en a qu'un seul non ? C'est de l'H.264 (aussi connu comme MPEG-4 AVC ou simplement "AVC").
À noter que sauf erreur, le "mov", c'est comme le "mp4" ou les fichiers "avi", c'est juste un format qui en contient d'autres (un format son + un format image).

Sinon, mais là je t'avoue que je ne connais pas assez le boîtier, peut-être peux-tu essayer de tourner en 1080i au lieu du 1080p.

D'ailleurs, les saccades dont tu parles, ce n'est pas un problème d'entrelacement ? (mode "i" vs "p" qui est progressif)