La version Ultimate comprend tout, sinon presque tout non ?

Non, en mode vidéo, il ne doit pas y avoir de différences majeures entre le 5D Mark3 et le 6D au niveau du capteur !

La différence majeure se situe dans la possibilité d'un brancher un casque sur le 5D et pas sur le 6D, et surtout le fait que le 5D possède un slot CF + 1 slot SD, alors que le 6D ne possède qu'un Slot SD.
Pour tourner en RAW avec Magic Lantern en Full HD c'est impossible avec le 6D, et possible avec le 5D.

En dehors de cela, non, ce sont les mêmes boitiers en mode vidéo, le capteur est similaire, sinon très très très similaire !