Côté qualité c'est ce qui est dans le .MOV qui fait tout. MOV est un container, tu peux le changer en AVI, ça ne changera pas la vidéo. Monter sans rien perdre alors monte sur les images entières et ton flux de sortie ne sera pas altéré plus que le premier encodage mais ça limites les effet et, surtout, la correction des images ou des niveaux. Dès que tu décodes la vidéo il faut la mettre dans un format de montage très peu dégradant mais qui est très consommateur d'espace: comme tu es en local et ce n'est pas grave. Quand ton montage est fait, tu devras ré-encoder/compresser pour que ta vidéo soit transportable et tu vas ajouter alors une nouvelle dégradation qui se cumulera avec les autres.

Une fois de plus, le mot «format» ne veut pas dire grand chose en vidéo, donc s'en méfier et chercher à comprendre car il n'y a pas de logiciel miracle.