Aucune raison de craindre quoi que ce soit pour ton boitier, le firmware ne "monte" que dans la ram du Canon (mémoire vive)... tu éteints ton boitier et le firmware "s'envole".

Si ça clignote en bas, c'est que tu dois réduire le nombre d'affichages que tu souhaites voir dans cette zone. J'ai eu le même problème, résolu par la réduction des infos affichées (qui se superposent) et aussi par le fait que je demande à mon boitier de "booter" directement sur ML, sinon cette zone affiche des infos des 2 firmwares, d'où le clignotement.
Il faut également bien placer les infos par rapport à l'écran (intérieur ou extérieur aux cropmarks).

Il faut savoir que ce firmware est exploité par des sociétés de production professionnelles ! Ce n'est pas seulement un gadget de "geek" !

Regarde par exemple les nouveautés du nouveau Canon 5D Mark III ! Tu constateras qu'en dehors de 2 améliorations notoires (nouveau processeur qui traite mieux le moiré, l'aliasing et le nouveau Codec intra trame) toutes les "nouvelles fonctionnalités" se trouvent déjà dans Magic Lantern (vu-mètre pour le son durant l'enregistrement, modifier les paramètres de diaph durant l'enregistrement, démarrage de l'enregistrement via un autre bouton...etc)...

Je suis en train d'équiper de ce firmware ML-Unified tous les boitiers Canon 5D qui vont être utilisés sur le prochain tournage de fiction sur lequel je bosse afin d'exploiter les fonctions avancées incontournables :
1) Les cropmarks au format du film (je réalise moi-même le fichier Bmp cropmarks qui correspond au format demandé du Réal, plus haut que le cinémascope) ce qui évite de coller du scotch noir sur les écrans pour simuler le bon format cinéma...
2) Augmentation maximum et systématique du débit "Bitrate" afin d'obtenir une image la plus détaillée et la plus fine (ce qui va nécessiter de n'utiliser que des cartes Compact Flash qui accepte des débit de 95Mo/s)
3) Gestion avancée Follow focus (Trap et Track mode) pour des plans spécifiques en macro.
etc...

Il ne faut pas oublier que le Canon 5D est un boitier "photo" d'abord, et qu'il se trouve sur un segment de marché pour "amateur averti". Que son développement est élaboré pour des utilisateurs "amateurs" et "grand public".
Les cameras pro type (Red scarlet, Epic et autres nouvelles C300) sont plus complexes d'utilisation, présentent des menus plus élaborés, plus complexes, pour répondre à des besoins plus pointus, pour s'intégrer dans un workflow plus complexe, plus riche plus spécifique...

C'est aussi pour ça que ML peut paraitre un peu complexe...Il y a du gadget dedans, mais aussi des capacité très élaborées qui répondent à des besoins très Pros, demandés par des Pro d'ailleurs !!!