à priori, monter en natif est "mal" le codec h.264 est un codec de diffusion. pour le montage, mieux vaut utiliser un codec inter frame type Huffyuv, Cineform, Lagarith, appleprores, etc. le seul "petit soucis", outre le fait que l'on doive ré-encoder, vient du fait qu'en full HD, par exemple, la taille du fichier grimpe à grosso modo 8 fois son poids original avec Huffyuv qui est inter frame et sans pertes...
si tu souhaites malgré tout éviter ce genre de conversion, je ne connais que très mal première mais il me semble que tu as la possibilité d'utiliser des proxis SD qui vont soulager ton ordi. j'avais vu un tuto là dessus en anglais. si cela t'interesse, fais moi signe, j'essaierai de retrouver le lien.