Oui, franchement, il faut absolument éviter les yeux rouges (ou plutôt verts fluo avec les chats. Vert qui n'est, semble-t-il qui plus est, pas pris en charge), dès la PDV ! Les corrections opérées par les logiciels de retouche ne rendront jamais le naturel et la transparence d'un oeil. A mon humble avis, ce n'est utile qu'exceptionnellement pour "sauver" un cliché impossible à refaire...

Solutions, soit augmenter les ISO (si le boîtier les gère bien) et ouvrir dans la mesure du possible.
Soit, déporter son flash comme dit plus avant.