Aucune méthode miracle n'existe.
Les 2 sont bonnes et mauvaises car ont tous deux leurs inconvénients respectifs.

Si tu branche le boitier par USB au PC, sous windows cela impose d'avoir installé la suite de pilotes Canon, mais qui ne servent à rien sous windows 64 bits, donc si tu veux explorer la carte sans passer par EOS Utility... c'est pas la peine... hors parfois EOS Utility... on a pas que ça à foutre de l'utiliser, et on a pas forcément les pilotes sur place.
Le recouvrement des photos par USB par EOS Utility ou par copie windows (sous 32 bits) est plus lente qu'en branchant la carte CF sur un lecteur de cartes.
Après vidange, cela impose de formater la carte CF depuis le boitier, ne pouvant pas juste vider les fichiers déjà écrits.
Cela dit toujours sous 32 bits uniquement il est possible de virer les fichiers à la main dans l'explorateur, mais pas les répertoires.
Ajouté à ceci les risques matériels inhérents aux non respect des drafts USB par pas mal de cartes mères ou de hub usb... et c'est le ponpon.
Cette solution pour finir nécessite un PC ou un Portable (netbook ou notebook)

L'autre solution qui consiste à sortir la CF du boitier, est évidemment gênante vu qu'il y a toujours un risque de tordre une pin du connecteur... cependant, il suffit de ne pas forcer quand on insère une carte, et de le faire délicatement et surtout bien droite.
Cette solution est plus rapide dans la majorité des lecteurs de cartes parfaitement compatibles usb2.0 et puis il vaut mieux endommager un lecteur de cartes à 10€.
Cette solution ne nécessite aucun pilotes spécifique, aucun câble supplémentaire spécifique, pas de CD... RIEN, et fonctionne quelque soit la plateforme cible... PC ou Mac
Cette solution peut également permettre l'utilisation d'un videur de carte le soir après une journée de shoot quand on a pas emmener son notebook pour vider la carte ou que l'on ne peut pas forcément le sortir, et attendre sagement qu'il ait fini de vider la carte. ou même pendant la pause de midi... les conditions ne permettent pas toujours de sortir un notebook ou netbook pour vider la CF du boitier.
On peut ensuite vider ce qu'on souhaite retirer de la carte, sans pour autant passer sa vie à la formater.

( Si la considération de l'usure due à la durée de vie en cycle d'écriture d'une CF vous incombe...
Contrairement aux idées reçues la formater n'améliorera pas sa durée de vie, car cela correspond à un cycle d'écriture de plus, ce qui de toute façon provoquera également une usure aux endroits où l'essentiel des photos est inséré par le boitier, et elle ne sera donc guère plus uniforme... )