En ce qui me concerne, j'ai pris l'habitude de connecté le boitier via l'USB sur un des ports en façade de ma tour et de me servir d' EOS Utility (en modifiant les données de numérotation lors du téléchargement) Aprés le déchargement et un backup des fichiers sur un autre disque, je déconnecte et reformate la carte CF du boitier.
Ensuite, je traite les fichiers RAW avec DPP.

C'est ma méthode, mais chacun travaille comme il lui convient.