A ceci ajouté... quelle version du système... Vista 32bits ou 64 bits ou Windows 7 32bits ou 64bits...
ça change tout.

de plus est ce que justement le pc n'a pas été réinstallé entre les 2 transferts, avec 2 version de windows totalement différentes ?

Windows Vista et Windows 7 en 64 bits ne reconnaissent pas le format CR2 de Canon, car Canon ne fourni pas de codecs compatibles.
Pire, si on navigue directement depuis l'explorateur sur le boitier relié au PC via l'usb et non sur la carte dans un lecteur, il fait n'importe quoi, et n'arrive pas du tout à considérer les photo comme des fichiers, mais comme des lecteurs et il se banane lamentablement...

Si la première fois vous étiez avec la carte dans un lecteur et la seconde le boitier branché directement au pc c'est normal alors... mais EOS Utility est fait pour cela dans le cas d'un branchement direct boitier-PC.