Plus simple: EOS Utility permet de rajouter un chiffre pour chaque photo importée et de conserver une numerotation comme si on avait un compteur pour le nombre d'obturation.

Dans EOS Utility, sélectionner "Preferences", puis l'onglet "Nom du Fichier" et "Personalisation".
Là, taper "IMG_0" pour obtenir "IMG_00001.CR2" ou "IMG_1" pour "IMG_10001.CR2"... etc.

Choisir 4 dans "Affecter No sequence/Nombre de chiffres" (voire plus si vous vous voyez dejà avec plus de 100000 photos

Après ca, tout roule et plus de modif à faire sauf au changement de dizaine de milliers.