merci beaucoup gibus de ton commentaire !
je me suis posé les mêmes questions que toi entre 'boitier' et 'objectif'.
Etant donné que sur mon 18-135 tout me parait OK, je pense que le pb vient de l'objectif 50mm 1.8 qui n'est pas "précis" coté mise au point par "phase".
En liveview la MAP est toujours parfaite, donc boitier - objectif OK (tant que le système AF de phase + jeu de mirroirs n'est pas en action)
Si c'est toujours ok en liveview (MAP par contraste) : coté lumière objectif, moteur et "calage" une fois MAP faite c'est OK. On note beaucoup plus de durée de mise au point et beaucoup d'aller retour de "petite course" avant la MAP final.
En visée reflex, la MAP est beaucoup plus rapide, mais 1/3 de dechet aujourd'hui pour mes tests.
Le pb viendrait donc plutot de la mise au point par "phase". Cette mise au point se fait à travers un miroir (et donc peut être décalé par rapport à ce que va recevoir le capteur) ce qui pourrrait incriminer le boitier. On peut aussi suspecter le systèmes par phase à travers l'objectif. On peut enfin suspecter le "jeu' du moteur/AF de l'objectif qui ne peut être "rattraper" par plusieurs petits aller/retour comme en Liveview, du fait de la vitesse de MAP recherchée.
Coté réglage focus sur l'objectif, cela permet de "ratrapper" un défaut de boitier (allonger/réduire la MAP) ou bien un défaut de l'objectif distance lentille objectif/capteur ?
Que disent les experts ?

moi aussi je fais les tests boitier posé et cibles perpendiculaires (les photos postées ci avant). J'en ai refait aujourd'hui sur 5 briques de lait : le collimateur central est bien rempli: sur 10 clichés 6 OK, 4 avec plus ou moins de back focus.
L'intervention sur l'objectif semble avoir décalé le comportement mais ne change pas le coté instable. avec le 18-135 IS pas de pb. donc le pb vient à mon sens de l'objectif qui doit avoir du "jeu' dans son AF et qui, bien que stoppé sur calage AF pas trop mauvais depuis le boitier, se "déplace" avant/pendant/après la prise de la photo.
si tu as constamment du front focus avec de bons objectifs, peut être dois tu controler ton boitier effectivement.
Sur le 50mm, pour ma part, en manuel : impossible de faire une mise au point correcte a travers le viseur (point rouge ou pas) je fais pas mieux que l'AF.
D'une part on n'a pas une vue assez précise (sur le 550D en tout cas), d'autre part la bague est vraiment imprécise et trop rapide comme tu le dis.