taches dans la photo

[ObiwanKenobi]

la seule différence entre les 2 photos est la focale.

Non, la focale est la même (53mm) ; en revanche, c'est le diaphragme qui est différent (f/32 sur l'une, f/5.6 sur l'autre).
Que ces petites taches apparaissent avec un diaphragme très fermé et moins, voire pas du tout avec un diaph plus ouvert confirme le diagnostic.
Bienvenue au club, mon gars: tu as simplement des poussières qui sont venues élire domicile sur ton capteur. C'est pas grave et cela arrivera à nouveau (depuis combien de temps possèdes-tu ton 40D?).
Dans un premier temps, essaie les instructions du chapitre 8 (page 131) du manuel.
Si cela ne part pas à la soufflette (surtout ne touche pas le capteur avec quoi que ce soit), et si ton boîtier est encore garanti, mon conseil serait de retourner voir ton vendeur pour passer ce nettoyage sous la garantie constructeur (logiquement un premier nettoyage du capteur est pris en charge).
Les petits points noirs m'incitent à penser qu'il ne s'agit que de poussières ; tu as de la chance car sur le mien, c'était des petits "crachotis" de lubrifiant de l'obturateur qui avaient éclaboussé mon capteur (les vilains !) ; ça arrive souvent, paraît-il sur les Canon qui sont huilés à la louche. Mais ça, cela ne part pas à la soufflette !