Normalement, EOS Utility ou pas, quand tu branches ton 40D et qu'il est reconnu, tu explores directement la carte mémoire comme si tu passais par un lecteur de CF.

Même si les drivers pour les fichiers CR2 ne sont pas installés, techniquement tu dois les voir. Si tu ne les vois pas sur ta carte CF, c'est que tu ne les as pas du tout. SI c'est le cas, la réponse est simple, soit la configuration de l'appareil n'a pas été enregistrée et tu avais le mode JPEG uniquement, soit tu étais en mode "automatiques" (autres que M, Av, Tv, P et A-DEP) car dans ces modes, l'appareil ne sort que des JPEG même si tu demandes des RAW.