Je pencherais en effet pour l'instant pour un manque de netteté de suivi non pas à cause de l'AF mais à cause des vitesses.
A 300mm, 1/400 c'est pas tant que ça ... d'autant pire à 1/250
Et pour les oiseaux en vol 1/640 c'est pas tant que ça non plus ...

Dans un 1er temps je te conseilles d'essayes avec des vitesses plus rapides. Je me suis rendu compte que les apn avec beaucoup de pixels tolèrent moins les vitesses limites qu'avec des 8mpix. Bizarrement là où avant je tenais des vitesses de 1/250 à 500mm avec un simple monopod et sans stab, j'ai maintenant besoin de plus de marge ... Comme si le moindre déplacement se voyait plus facilement qu'avant ... J'avais ressenti cela au passage du 1DIII au 1D IV et maintenant du 1DIV au 5D III / 1DX ...

Donc pour les sujets en mouvement je conseilles environ le 1/1000 et plus sur sujets plus aléatoires et rapides qui demandent un suivi particulier (un peu dans tous les sens) Je n'hésites pas à utiliser des vitesses entre 1/2500 et plus sur sujets vraiment bougeant (sternes, mouettes rieuses en vol) ... et en général cela se ressent sur la qualité obtenue ...
Vu les tolérances au ISO haut de ces 2 apn ont peut les obtenir sans trop de mal en extérieur

Essayes déjà ainsi pour voir si cela améliore les résultats