SyncBack le fait par ex, la version gratuite SyncBackFree doit également avoir cette option (bien cachée).

Sinon tu peux faire une comparaison exacte ulterieure (les softs de sauvegarde travaillant généralement qu'avec les tailles et dates des fichier) tu a des petits logiciels qui permettent de calculer le MD5 d'un repertoire, cela peut depanner. Tu avait aussi Windiff fourni avec Windows et la aussi caché sans icone qui te fait une comparaison bit a bit de répertoires et fichiers en donnant les deltas (très pratique en développement pour les fichiers)