Vu le type de prise de vue, une map manuelle au liveview sera le plus efficace. Une plus grande profondeur de champ serait un gros plus je pense (f8), poser les boites sur un support mat.
Prendre en raw et un peu d'accentuation devrait régler le souci.
En auto, tu vas être gêné par les faibles contrastes et les reflets du couvercle (si tu n'ouvres pas tes boites) et du carrelage, surtout si ta bactérie ne rempli pas le collimateur.