Bonsoir,
J'ai eu le même soucis avec un 40D qui est parfaitement reconnu avec toutes les versions de logiciels de Canon (voir site de Canon) mais le 5D restait "invisible" même avec les dernières versions de EOS utilities , ZB DPP...

La solution que j'ai trouvé est de brancher le 5D sur un autre port USB. Là nickel pas de soucis les deux boitiers sont reconnus l'un sur un port l'autre sur un second.

Bien sur pour vider les cartes mémoires j'utilise un petit boitier (15 à 20 €) mais pour paramétrer des infos du boitier (nom du propriétaire des photos dans EXIF entre autre) EOS utilities obligatoire.

Voilà j'espère que cela solutionnera ton pb.

Bonnes tofs.