as-tu essayé de visionner tes fichiers directement sur ta carte ? via un lecteur multi-cartes branché sur un port USB, sans même faire une copie sur un autre support?
quel est la taille de ta carte CF ? depuis quand ça te le fait ? pas eu de choc (thermique, physique) sur l'appareil ou la carte ? tu devrais aussi la formater complètement, un formatage complet et non rapide, via ton eos 5D, dès fois que ...