Je viens de penser à autre chose :
Etant donné que tu ne constates ce problème que sur les Raw, il se peut que ces fichiers soient déjà altérés sur ton 5D. Si tu les visualises correctement sur l'écran, ça doit être parce le viewer intégré au boitier ne prend pas en compte le raw lui-même mais un aperçu.
Simple hypothèse, mais il me semble que ça fonctionne ainsi.