On peut pas mettre un repere visuel fixe (un baton, un caillou, ...) puis retaillé le panorama pour faire disparaitre ce repère ? Quitte à se mettre en mode portrait pour avoir un panorama plus haut. Ca ça permettrait de résoudre le problème logiciel pour se monter le panorama.

Pour le chevauchement des vagues dans les zones de raccord, on peut prendre une rafale pour chaque plan de manière à trouver le chevauchement de vagues qui conviendra le mieux pour raccorder les plans.
Les vagues étant cycliques (une grosse vague toutes les 30 sec par ex), tu peux ajuster ton shoot si tu observes la mer avant de la prendre, le chrono devient alors ton second ami après le reflex .

Krakotte