Non, windows ne modifie rien du tout à part peut être l'extension de ton fichier.
Si windows savait transformer du raw en tiff au niveau du contenu, ça se saurait et les logiciels de traitement n'auraient plus aucun intérêt.

Ce qui se passe , c'est qu'IE (Internet Explorer) te sauvegarde le fichier en .tiff , et quand les autres logiciels essaient de l'ouvrir, ils pensent que c'est un .tiff à cause de son extension, mais n'y arrivent pas , parce que c'est bien un fichier raw.
Firefox , au contraire doit sauvegarde ton fichier avec l'extension .cr2 , les autres logiciels détectent donc bien que c'est du raw, et l'ouvrent comme tel.