Bonjour à tous,
Je me suis toujours intéressé au sujet des MR et j'y ai réfléchi avec mon expérience (personnelle et professionnelle).

Concernant les variations dimensionnelles d'un APN à un autre APN:
Ce genre de sujet et commun à tous les objets fabriqués (voitures, télévision, etc.). C'est un problème plus critique sur tout système qui demande une grande précision et donc sur les APN. Ces variations existent sur tous les appareils, même les très haut de gamme (sur un phase1 IQ180, il faut rajouter des feuilles de 1 à 10 microns pour obtenir un qualité optimale - cf luminous-lanscape.com). Il y a des tolérances mais il doit arriver que certains appareils soient plus souvent hors tolérances et quand même fabriqués (d'où le nombre moindre de problème vu sur un 40D par rapport à un 7D ou 5DII). Les micro réglages sont là pour pallier ces variations.

Concernant les performances des MR:
Perso, j'ai des objos Sigma 24-70 2.8 et 50 1.4 et j'ai besoin de MR particulièrement sur le dernier. Comme dit par gparades, c'est plus génant sur les objos à grande ouverture. Mais la performance des MR est quand même assez limitée.
Ma compréhension est la suivante. Il faut tout d'abord comprendre comment l'AF fonctionne. L'AF mesure la distance pour la MAP. L'information est envoyée à l'objectif qui bouge tous les éléments pour obtenir la bonne MAP. C'est une régulation en boucle ouverte; il n'y a pas de retour d'information de l'objectif pour voir si la MAP est bien faite. Et le boitier ne vérifie pas non plus. On peut très bien vérifier ce fonctionnement, mais c'est une longue discussion.
Le problème est donc du coté de l'objectif et non du boitier. Donc si on veut avoir de bon résultat, il faut envoyer son objectif chez le constructeur et pas son boitier chez Canon.
Et qu'est ce que fait le constructeur? Ma réponse à cette question est qu'ils mettent l'objectif sur un boitier identique à celui utiliser par le propriétaire. Ensuite ils caractérisent les performances de l'objectif (c'est us processus similaire à ce qui est fait pour la calibration d'un écran) et reflash l'objectif avec ces nouvelles données. Dans ce cas, les performances doivent être meilleures car les modifications ne sont pas forcément linéaires et donc le micro réglage a de moins bons résultats (car il n'y a qu'un seul réglage par objectif).
Perso, c'est dommage qu'il n'offre pas plus de points de réglage en fonction de la distance de MAP et de la focale (peut-être qu'un jour magic Lantern aura ce genre de capacité...).

Bien sûr, tout ce que je viens de dire est juste le fruit de ma compréhension... Je n'ai pas forcément LA réponse.
En tout cas, j'espère que j'ai fait un peu avancé le schmillblick!