J'ai aussi eu ce problème une fois (RAW + Jpeg et seulement récupération des Jpeg). J'ai réglé le problème en (re)formatant ma carte mémoire et depuis, je n'ai eu aucun souci. Bien sûr, j'ai perdu les RAW en question.
Bêtement, je n'avais pas formaté ma carte quand je l'ai utilisée la première fois alors que c'est normalement très conseillé. C'est peut-être une piste pour comprendre ce qui s'est passé...