Petite rectification : je pensais que ce comportement se limitait aux modes automatiques (CA & carré vert) de mon 5D2.
Après de nouveaux tests il s'avère que l'AF se cale sur l'infini lorsque j'utilise le collimateur central (ce que je fais toujours).
Par contre lorsque je les utilise tous il fait un peu n'importe quoi et se cale effectivement autour de 3,5m
(meme si c'est variable et qu'il n'y a rien à moins de 10m)
Je pense donc que c'est un effet de bord et qu'il n'y a pas de calcul spécifique d'hyperfocale.