Salut.
Il est fortement conseillé, recommandé, préférable (etc, etc) de formater la carte à partir de l'Eos 40D directement. Voir recommandations dans le manuel utilisateur du 40D.
Et pour éviter les soucis, n'hésite pas à faire des formatages régulièrement. En ce qui me concerne, je le fais quasiment après chaque déchargement de photo.