Est ce que tu as réinstallé DPP fourni avec ton 40D ? Si tu utilises la version que tu avais avec ton 350D, il est possible qu'il ne reconnaisse pas les fichiers créés par le 40D.

Pour CS2, il y a une version mise à jour de camera raw à installer. Elle est disponible sur le site d'adobe, je ne sais plus exactement où, mais tu trouveras facilement en cherchant sous google.