J'utilise les mêmes outils que toi :

1) DPP = CR2 -> TIF

2) CS2 = TIF -> JPEG

3) éventuellement
NeatImage = TIF -> JPEG

De temps en temps les Exifs disparaissent et/ou la vignette est corrompue, mais seulement dans 3 ou 4% des cas, je ne l'explique pas non plus, je pense que c'est CS2 mais peut-être que DPP avait mal fait son boulot en amont ...

Bref, je m'en sort avec Exifer, cf mon tuto sur les Exifs : Modifier les métadonnéees Exif ou IPTC d'une photo - BLog de Yann LEMARIE