Premières choses que j'ai faites dans les menus (changement par rapport au réglage usine) :

Qualité RAW
Declenchement sans carte : Non (ça évite de shooter comme un fou sans carte mémoire, c'est du vécu !)
Style d'image : Def. ut. 1 (style personnalisé) basé sur Neutre, avec netteté à +5, pour que l'histogramme ne soit pas tassé à droite trop vite (le style Standard fait clignoter assez rapidement les hautes lumières alors qu'il y a encore de la matière à récupérer). Si vous faites du JPG avec votre boitier (pourquoi pas...), le style "standard" est passe-passe partout.
Alerte surex. : Activé
Arrêt auto : 4 min. (ça évite que le boitier se mette en veille pendant une MAJ de firmware)
Luminosité : Manuel sur 4

Pour les CFn :
CFn I.2 "incréments de sensibilité ISO" sur 1: Valeur entière (je trouve qu'on perd du temps à selectionner les ISOs intermédiaires surtout avec les niveaux de bruits (ou plutot de non-bruit !) atteint avec le 5D2, et que cette optimisation à outrance se fait au détriment de la vitesse d'execution, par exemple, pour passer rapidement de 400 à 1600 ISO)
CFn I.3 "Extension sensibilité ISO" sur 1: Marche
CFn II.4 "Correction auto de luminosité" sur 3: Desactivée (cette correction triture les niveaux quand l'expo est mauvaise, avec pour conséquence de faire monter le bruit si la photo est sous-exposée et de ne jamais rien comprendre au fonctionnement d'une cellule !)
CFn III.3 "Methode selection collim. AF" sur 1: Multicontrôleur direct (pour pouvoir selectionner les collimateurs directement au joystick)
CFn III.7 "Extension de la zone AF" sur 1: Activée (les fameux 6 collimateurs cachés supplémentaires actifs en AI Servo avec le central)
CFn IV.1 "Declencheur/Touche AF" sur 1: Mesure+lancement/arrêt AF (afin de couper le AI Servo d'un seul doigt si la cible ne bouge plus, on peut ainsi décadrer et éviter que l'AF continue de faire le point sur autre chose).