Perso, j'ai positionné en "numérotation continue". Cela veut dire jusque 9999 comme tu le dis bien. Et je n'ai pas de soucis. j'ai déjà du réinitialiser en arrivant à 9999.

En position réinit.-A chaque carte a son numéro de suite.
La position réinit.-M crée un nouveau dossier et recommence la numérotation à 1.

Mais cela tu devais déjà le savoir.

Perso, j'utilise le chargement via ACDSee en renumérotant sur base de la date/heure de prise de vue qui se trouve dans le fichier EXIF de la photo.

Ceci me permet une classification très rapide et donc de ne pas tenir compte de la numérotation de l'appareil