De ma compréhension, le module AF est situé quelque part dans le boîtier proche du prisme de visée (et donc decorelé du capteur et du nombre de pixel).
Le module af est dans la semelle du boîtier, sous la cage reflex, c'est le module d'exposition qui est vers le pentaprisme, mais le résultat est le même: il n'y a effectivement pas de lien entre le capteur image et l'af en mode visée reflex.

L' autofocus du 1000D est parfaitement précis, en statique en tout cas. En AI servo, il est vraiment moins rapide que le 5D, qui n'est pourtant pas réputé pour être un foudre de guerre.
Il me semble bien que le 1000D réemploi le très vieux module af qui équipait déjà le 300D au début des années 2000, celui du 5D est un modèle plus récent.

Sinon je penche aussi pour une question de taille de collimateur, d'autant plus que si tu as utilisé la même focale dans les deux cas, la surface de la lune était encore plus petite sur le 5D, facile du coup quand on vise le bord d'être un poil à côté et de viser en fait le noir du ciel.
Je dirais que tu touches là l'inconvénient des modules af sophistiqués: ils sont certes très efficaces, mais demandent un paramétrage plus pointu en toute circonstance pour vraiment bien fonctionner, réessaye en sélectionnant un groupe de collimateur au centre et je suis sûr qu'il fera la map sans problème.