Dans tous les cas, JPG est destructeur... TOUJOURS... la compression sans perte appliquée ne l'est qu'en bout de chaine... malheureusement la première partie du traitement... est destructrice et celle là on ne peut absolument pas y échapper, sans quoi un fichier jpg ne serait pas un jpg... car le jpg n'est pas un tableau de pixel brut comme l'est bmp.
la raison pour laquelle ce format compresse si bien justement tiens dans les destructions qu'il provoque... et ce quelque soit le taux utilisé.
on ne doit pas utiliser un jpg pour le retoucher si on a un original que l'on peut convertir dans un autre format SANS PERTE, typiquement TIFF ou DNG...

le problème avec ta solution, c'est que la première phase a déjà été destructrice, même si tu sauvegarde le psd, vu que tu a ouvert un JPG...

sortir un jpg du derawtiseur pour le rentrer dans le soft de retouche... c'est induire une double dégradation... il vaut mieux dans ce cas sortir un DNG ou TIFF et ne conserver que celui-ci qui peut être l'exacte reflet du CR2, mais dans un format légèrement plus standard (et malheureusement plus "gros").

pour ce qui est du fait que Photoshop ne supporte pas les CR2... Et bien c'est simple ce n'est pas son rôle. De même qu'il ne gère aucun format natif d'appareil. Photoshop est fait pour travailler sur des formats de fichiers standards... pas propriétaires. C'est un soft de création/édition/retouche, mais pas spécifiquement photo...
Lightroom qui lui est un derawtiseur... possède sa propre bibliothèque de codecs maison pour chaque type de RAW qu'il supporte...