Le 40D est connu pour ses rouges peu saturés et son décalage de teinte dans le vert. Je ne connais pas le 5D mk11 mais, le 5D est plus fidèle que le 40D.
Et ceci est "natif" et n'a donc rien à voir avec le type de traitement.
AS- tu ces écarts à des ISOs différents également?
Le 40D devrait se juger à 100 ISO, sa sensibilité nominale.
P.S. : Je suppose bien entendu que tu compares avec la même température de couleurs !