Il faut aussi que tu vérifies tout ça sur trépied solide en comparant 2 choses : faire la map en AF et ensuite passer en Live-View pour vérifier la précision de l'AF, en zoomant sur l'image.
Si en live-view tu obtiens toujours plus de netteté (de façon flagrante) en bougeant la bague de map (focus manuel après l'avoir fait en AF), alors c'est que tu as sans doute un soucis de calage, oui.

Après, le 100-400 est assez dur à bien maitriser pour en obtenir le meilleur, il faut donc que les conditions soient réunies aussi pour que tout soit ok.

A suivre...