J'utilise souvent le mode "M" en macro et en photo au flash.

En mode flash, je me fixe une profondeur de champ (diaphragme: ouvert en portrait, très fermé en macro), une vitesse (fonction du sujet et de la focale) et l'appareil règle l'éclair du flash pour faire l'appoint de lumière.
Le mode auto ne pouvant pas deviner la nature du sujet, je ne vois pas comment faire autrement qu'en M.

Sinon, je l'utilise également en photo "d'action", car lorsque le sujet (ou le cadrage) se déplace, certains éléments peuvent tromper la cellule (par exemple un mur blanc), aussi je détermine une exposition correcte sur le sujet (avec... le mode "Auto" le plus souvent) et je la verrouille, si possible après avoir pris quelques photos pour vérifier la pertinence de l'exposition.

Je n'utilise jamais ou presque le mode "carré vert".